U dugoj i bogatoj povijesti Panonije ostalo je zabilježeno da je NK Panonija u sezoni 1974./75. izborila igranje u Zagrebačkoj zoni, gdje se tada natjecao i koprivnički Slaven. Upravo to smatra se jednim od najvećih sportskih uspjeha u povijesti kluba. No NK Panonija se u tom rangu natjecanja uspjela održati samo jednu sezonu.
Posebno će ostati i zapamćeno to da su juniori NK Panonije u sezoni 1983./84. pobijedili u kup natjecanju sve protivnike redom, pa i juniore Dinama rezultatom 1:0. Završnicu turnira juniori Panonije trebali su igrati u Splitu, ali to se nažalost nije dogodilo.
Kada govorimo o najvećim sportskim uspjesima, vrijedi svakako izdvojiti i 1997. godinu kada NK Panonija osvaja naslov u 4. HNL i plasira se u viši stupanj natjecanja, u 3. HNL,u kojem se zadržala tek jednu sezonu. Reorganizacijom liga i novim sustavom natjecanja, NK Panonija je ušla u 1. ŽNL, a isti sustav natjecanja s manjim promjenama održao se sve do danas.